Thời kỳ cổ đại

Vương quốc cổ đầu tiên được thành lập tại vùng đất nay là Cộng hòa Bắc Macedonia là vương quốc Paionia của người Thrace-Ilyria, họ đã kiểm soát một phần lớn khu vực sông Axius và các khu vực chung quanh lúc bấy giờ. Vào năm 336 trước công nguyên, Vương quốc Macedonia đã xâm chiếm Paionia dưới thời vua Philipos II của Macedonia. Ông đã xây dựng nên thành phố cổ Heraclea Lycentis và tàn tích ngày nay vẫn còn được lưu lại trên lãnh thổ Cộng hòa Bắc Macedonia. Quyền lực của vương triều Paionia bị giảm xuống còn như một nước bán tự trị phụ thuộc vào Vương quốc Macedonia. Con trai của vua Philip II là Alexandros Đại đế (356–323 TCN) đã tiếp tục mở rộng hơn nữa quyền hạn của Macedonia tại Paionia, tuy nhiên vương gia Paionia tại đây vẫn nhận được sự kính trọng từ phía triều đình Alexandros Đại đế. Năm 280 trước công nguyên, người Celt đã đến tàn phá những vùng đất của người Paionia, song sau đó họ lại bị người Dardani đàn áp. Trải qua một vài biến cố lịch sử, người Paionia vẫn tiếp tục duy trì một quốc gia tự trị cho đến khi bị sáp nhập vào Đế chế La Mã hùng mạnh. Và đến năm 400 sau công nguyên, người Paionia đã hoàn toàn bị đồng hóa và cái tên Paionia chỉ còn lại là một địa danh trên bản đồ mà thôi.

Thời kỳ Trung cổ

Vào cuối thế kỷ VI, Đế quốc Đông La Mã (Byzantine) dần trở nên hùng mạnh và bắt đầu kiểm soát những lãnh thổ tan rã của Đế quốc La Mã. Trong khi đó, tại lãnh thổ Cộng hòa Bắc Macedonia ngày nay, người Slav đã tràn vào từ phía bắc. Các dân tộc khác tại vùng này như người Hy Lạp, người Latinh, người Illyria và người Thracia đã bị đẩy đi nơi khác hoặc bị người Slav đồng hóa. Người Slav sau đó bắt đầu nhiều cuộc chiến tranh lớn chống lại Đế quốc Đông La Mã. Họ đã xâm chiếm được hầu hết lãnh thổ Hy Lạp, một bộ phận quan trọng của Đế quốc Đông La Mã ngoại trừ một số thành phố lớn quan trọng như Athena hay Thessaloniki. Để đối phó với người Slav, Đế quốc Đông La Mã đã nhiều lần sử dụng những đội quân viễn chinh lớn. Dưới thời hoàng đế Justinianus II của Đông La Mã, những đội quân viễn chinh này đã trục xuất tới 200.000 người từ vùng Macedonia đến trung tâm Tiểu Á (nay thuộc Thổ Nhĩ Kỳ) để triều cống và phục vụ trong quân đội của đế chế. Trong khi rất nhiều người Slav tại Macedonia đã phải thừa nhận sự thống trị của đế quốc thì một bộ phận lớn khác vẫn cố gắng duy trì bản sắc dân tộc, đồng thời họ vẫn chiếm đa số trong các nhóm sắc tộc tại địa phương. Cùng với sự phát triển của Đế quốc Bulgaria thứ nhất, người Slav tại Macedonia đã sáp nhập vào nền văn hóa Slav của người Bulgaria này.

Người Slav tại Cộng hòa Bắc Macedonia ngày nay đã chấp nhận Đạo Cơ đốc là tôn giáo chính thức của họ vào thế kỷ IX dưới thời hoàng đế Boris I của Bulgaria. Những linh mục người Byzantine Hy Lạp là thánh Cyril và thánh Methodius đã sáng lập ra bảng chữ cái Glagolit và đã có ảnh hưởng quan trọng trong việc hình thành nền văn học của người Slav tại khu vực lúc bấy giờ. Những công trình của họ đã được chấp nhận tại Bulgaria trung cổ và thánh Clement của Ohrid đã dựa vào đó mà sáng tạo nên bảng chữ cái Kirin cho các dân tộc Slav. Thánh Naum của Ohrid đã thành lập nên Trường Văn học Ohrid, một trong những trung tâm văn hóa lớn của Đế chế Bulgaria lúc bấy giờ.

Vào năm 1018, hoàng đế Basil II của Đông La Mã đã đánh thắng hoàng đế Samuil của Bulgaria và lãnh thổ Cộng hòa Bắc Macedonia ngày nay lại thuộc về chủ quyền của Đông La Mã. Những thế kỉ sau đó, vùng đất này liên tiếp bị cai trị bởi nhiều thế lực khác nhau. Vào thế kỷ XI, người Đông La Mã đã kiểm soát hoàn toàn khu vực Balkan nhưng sau đó, đến cuối thế kỷ XII vùng đất này lại rơi vào tay của Đế quốc Bulgaria thứ hai. Đế chế này sau đó đã vấp phải nhiều vấn đề chính trị nội bộ và Macedonia lại trở về tay Đông La Mã vào thế kỷ XIII. Thế kỷ XIV, vùng đất Macedonia trở thành một phần của Đế quốc Serbia. Skopje (nay là thủ đô Cộng hòa Bắc Macedonia) trở thành thủ đô của hoàng đế Stefan Dushan của người Serbia.

Sau khi hoàng đế Stefan Dushan mất, Đế quốc Serbia nhanh chóng suy yếu do những người kế vị kém cỏi và sự tranh giành quyền lực trong nước. Hậu quả là phần lớn khu vực Balkan, trong đó có Macedonia đã rơi vào tay Đế quốc Ottoman suốt 5 thế kỉ sau đó.

Phong trào Vận động Dân tộc

Sự cai trị tàn bạo của Đế chế Ottoman đã khiến cho nhiều cuộc nổi dậy của người Macedonia nổ ra. Một trong những cuộc nổi dậy sớm nhất nổ ra là Khởi nghĩa Karposh vào năm 1689. Từ cuối thế kỷ XIX, nhiều cuộc vận động dân tộc đã diễn ra với mục tiêu là thành lập một nhà nước tự trị cho người Macedonia trên toàn vùng Macedonia. Các tổ chức chính trị quan trọng như Tổ chức Cách mạng Quốc gia Macedonia (viết tắt theo tiếng Anh là IMRO) được thành lập đã đóng vai trò quan trọng trong việc vận động tinh thần dân tộc đất nước và tiến hành những cuộc khởi nghĩa chống lại chính quyền Ottoman, lúc bấy giờ đã bắt đầu suy yếu. Năm 1903, IMRO đã tiến hành cuộc Khởi nghĩa Iliden-Preobrazhenie với đỉnh cao là sự thành lập nước Cộng hòa Krushevo. Tuy cuộc khởi nghĩa đã bị đàn áp dã man song nó được đánh giá là nền móng và tiền thân của sự thành lập nước Cộng hòa Macedonia sau này.

Thế kỷ XX

Sau hai cuộc chiến tranh Balkan vào năm 1912 và 1913 rồi sau đó là sự sụp đổ của Đế quốc Ottoman, vùng Macedonia được phân chia thành các phần của Hy Lạp, Bulgaria và Serbia. Vùng lãnh thổ ngày nay là Cộng hòa Bắc Macedonia trở thành một bộ phận của Serbia với tên gọi Južna Srbija ("Nam Serbia"). Sau Chiến tranh thế giới thứ nhất, Serbia lại trở thành một phần của Vương quốc của người Serb, người Croat và người Sloven. Năm 1929, vương quốc này đổi tên thành Vương quốc Nam Tư và chia thành các tỉnh. Nam Serbia được đổi thành tỉnh Vardar nằm trong vương quốc.

Năm 1941, quân phát xít xâm lược Nam Tư và tỉnh Vardar bị chia sẻ giữa phát xít Bulgaria và phát xít Ý lúc đó đã xâm chiếm Albania. Trong thời kỳ này, 7000 người Do Thái tại hai thành phố Skopje và Bitola đã bị bắt vào những trại tập trung rồi bị trục xuất. Chế độ phát xít tàn bạo đã thúc đẩy phong trào đấu tranh của những người cộng sản tại Nam Tư dưới sự lãnh đạo của Nguyên soái Josip Broz Tito. Khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, Tito trở thành Tổng thống Nam Tư và Liên bang Cộng hòa Nhân dân Nam Tư được thành lập. Nước Cộng hòa Nhân dân Macedonia cũng được thành lập và trở thành một trong sáu nước thành viên của Liên bang. Về sau năm 1963, khi Nam Tư đổi tên thành Liên bang Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Nam Tư thì nước này cũng đổi tên lại thành Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Macedonia.

Cộng hòa Macedonia (từ năm 1991 đến nay)

Ngày 8 tháng 9 năm 1991, Macedonia ly khai ra khỏi Liên bang Nam Tư một cách hòa bình và lấy ngày này là ngày quốc khánh. Khoảng đầu thập niên 1990, nước này vẫn giữ được hòa bình và không can dự vào cuộc Chiến tranh Nam Tư khốc liệt ở những nước láng giềng. Những vấn đề nhỏ về mặt biên giới giữa Cộng hòa Macedonia với Nam Tư đều đã được giải quyết. Nhưng khi cuộc chiến tranh ở Kosovo nổ ra vào năm 1999, khoảng 360.000 người Albania tị nạn đã chạy vào Macedonia khiến gây mất ổn định tình hình tại nước này. Mặc dù một phần người Albania đã dời đi sau khi chiến tranh kết thúc nhưng những người Albania ở cả hai phía biên giới lại tìm cách đòi quyền tự trị và thậm chí cao hơn nữa là đòi quyền độc lập cho cộng đồng người Albania tại Cộng hòa Macedonia. Những vụ xung đột đã nổ ra giữa chính phủ Skopje với quân phiến loạn Albania tại miền bắc và miền tây đất nước trong khoảng giữa tháng 3 và tháng 6 năm 2001. Cuối cùng cuộc chiến kết thúc với sự can thiệp của lực lượng ngừng bắn của NATO. Theo Hiệp định Ohrid, chính phủ Macedonia đồng ý trao nhiều quyền chính trị rộng rãi hơn cho người Albania cũng như công nhận những đóng góp văn hóa của cộng đồng thiểu số này. Còn người Albania theo thỏa thuận sẽ ngừng các hoạt động ly khai chống chính phủ và giao nộp vũ khí cho NATO.

Năm 2005, Cộng hòa Macedonia chính thức được công nhận là ứng cử viên tiếp theo cho việc gia nhập Liên minh châu Âu.